1540年，在私自出海的南直隸徽州籍商人許氏集團的牽線下，馬六甲一帶的葡萄牙殖民者得以成功洗白，打著合法貿易的旗號，在浙江舟山雙嶼港站穩腳跟，並建立殖民據點，試圖逐步蠶食明朝領土。1548年，明世宗嘉靖皇帝朱厚熜決定驅逐葡萄牙殖民者，任命朱紈為浙江巡撫，負責帶兵去雙嶼港圍剿葡萄牙人。經過兩個月激戰，朱紈取得雙嶼大捷，從葡萄牙殖民者手中收復對雙嶼港的管轄權。
葡萄牙人來到雙嶼港以後，將這裏視為來往日本長崎港和馬六甲的中轉站。起初葡萄牙人還算遵規守紀，在雙嶼用馬六甲特產香料與明朝商人交換絲綢，瓷器和茶葉，然後運到日本長崎港去賣。但隨著葡萄牙人越來越多，鼎盛期有1200人定居雙嶼，很快就暴露出殖民野心，妄圖反客為主。
首先葡萄牙人用重金賄賂舟山一帶的地方官和總兵，讓他們對雙嶼睜一只眼閉一只眼，緊接著又通過商人牽線，逐一收買浙江籍的禦史，讓禦史充當他們在朝廷的保護傘。在時機成熟以後，葡萄牙人公然驅逐在雙嶼的明朝地方官，自行非法設立市政廳，教堂和法院，還私自招兵，設置城防司令統一指揮，並將明朝駐軍趕出雙嶼。
當非法占據雙嶼以後，葡萄牙人還不知足，他們將下一個目標瞄準浙江寧波和余姚，甚至公然登陸搶劫，將余姚籍的前東閣大學士謝遷老宅洗劫一空。但由於浙江地方官幾乎被葡萄牙人收買，並且在雙嶼還有分紅，導致朝廷一度對於這種嚴重事態完全沒有察覺。
不過紙裏終究包不住火，1548年，有浙江籍禦史冒死上奏，終於讓嘉靖皇帝有所知曉。他決心驅逐雙嶼葡萄牙人，恢復當地秩序，任命右副都禦史朱紈為浙江巡撫，並賞賜其旗牌，授予朱紈便宜行事之權。
同年三月，朱紈出動鄉兵6000人，帆船和舢板船總計300艘，由都指揮僉事盧鏜指揮，向雙嶼發起總攻。經過兩個月的時間，雙嶼葡萄牙人全部被肅清，明朝一舉收復雙嶼。
事後根據逃出雙嶼的葡萄牙傳教士平托記載，由盧鏜率領的明軍將島上所有葡萄牙建築一律焚毀，同時當地葡萄牙人有800人陣亡，這一重大損失是葡萄牙開展海外殖民行動以來從未遇到的情況。
但是遺憾的是，由於浙江籍士大夫利益嚴重受損，他們再也無法通過與葡萄牙人的勾兌得到分紅，於是發動禦史彈劾朱紈和盧鏜，稱其“舉措乖方，專殺啟釁”。最終嘉靖皇帝下旨查辦朱紈和盧鏜，朱紈在留下遺言“縱天子不欲死我，浙人必殺我，吾死，自決之，不須人也”後於獄中自盡，盧鏜則被判處斬監候，直到1552年被嘉靖特赦，才得以重新復出。
